Sự riêng tư của cá nhân bị xâm phạm là một trong những vấn đề phức tạp nhất mà các doanh nghiệp TMĐT phải đối mặt. Nếu không bảo mật quyền riêng tư tốt cho khách hàng, các hacker có thể thu thập thông tin website, dữ liệu nhân viên, khách hàng để sử dụng vào mục đích cá nhân. Gần đây nhất vào cuối tháng 3 năm 2017, một số vụ đánh cắp tài khoản của khách hàng đã diễn ra khi các hacker mạo danh là bên thứ 3 và mua hàng tại website của Amazon.

Hiện tại, bất kỳ rủi ro nào cũng có thể xảy ra dưới hình thức giao dịch TMĐT nằm trong tay nhà cung cấp thẻ tín dụng, website mua bán trực tuyến. Thực tế, người tiêu dùng trực tuyến đều biết rằng nhiều trang web đang thu thập và lưu trữ thông tin cá nhân của họ. Đôi khi họ sợ hãi vì nếu dữ liệu cá nhân của họ bị rơi vào tay kẻ xấu, họ có thể bị mạo danh và có thể bị mất tiền trong giao dịch, mất tiền trong thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng. Để hạn chế rủi ro, nhà cung cấp dịch vụ cũng như khách hàng cần nâng cao bảo mật dữ liệu cá nhân cũng như số thẻ tín dụng, mật khẩu an toàn 100%.

Dos tấn công từ chối dịch vụ.

Một vấn đề khá nghiêm trọng trong bảo mật TMĐT tại những đơn vị, công ty, tổ chức lớn có nhiều tiền đó là tấn công Dos. Khi bị tấn công DoS, hàng loạt các yêu cầu về giao dịch, dịch vụ đều bị từ chối. Trong thời gian ngắn, mạng trở nên chậm đến "nghẹt thở” và người dùng khó lòng có thể truy cập vào website đó hoặc khó tiếp tục giao dịch tiếp.

Ngoài ra, khách hàng tham gia mua sắm trên các website TMĐT cũng thường xuyên gặp phải tình trạng lừa đảo với hình thức Phishing. Phishing là hình thức lừa đảo mà hacker thiết lập một trang web giống như một bản sao của trang web TMĐT, website gốc và sau đó ăn cắp dữ liệu bí mật từ cá nhân hoặc tổ chức. Một khi các thông tin xác thực cá nhân của nạn nhân được xác thực khi người dùng gõ vào, hacker có thể sử dụng thông tin này để lấy cắp danh tính của họ.

Trong tương lai, ngành công nghiệp liên quan đến TMĐT đang phải đối mặt với thách thức khó lường về các vấn đề bảo mật, an toàn thông tin. Bởi vậy, các doanh nghiệp bán hàng trực tuyến phải thực hiện những chính sách bảo mật cùng với các quy trình mã hóa và xác thực mạnh mẽ để có thể đứng vững trước những sự cố về bảo mật, an ninh mạng. Bên cạnh đó, doanh nghiệp, công ty TMĐT cần sử dụng dịch vụ an ninh mạng, dịch vụ bảo mật thường xuyên để bảo vệ toàn diện cho website của mình.